Benzalkonium clorua có tính hút ẩm và có thể bị ảnh hưởng bởi ánh sáng, không khí và kim loại.
Các dung dịch ổn định trong khoảng pH và nhiệt độ rộng và có thể được khử trùng bằng nồi hấp mà không mất hiệu quả.
Các giải pháp có thể được lưu trữ trong thời gian dài ở nhiệt độ phòng. Dung dịch pha loãng được bảo quản trong thùng chứa polyvinyl clorua hoặc bọt polyurethane có thể làm mất hoạt tính kháng khuẩn.
Vật liệu rời phải được bảo quản trong hộp kín, tránh ánh sáng và tiếp xúc với kim loại, ở nơi khô ráo, thoáng mát.