Metansülfonik kislota o'zining uchuvchan bo'lmagan tabiati va organik erituvchilarda eruvchanligi tufayli organik reaktsiyalarda, ya'ni esterifikatsiya, alkillanish va kondensatsiya reaktsiyalarida katalizator sifatida ishlatiladi.
Shuningdek, u kraxmal esterlari, mum oksidi esterlari, benzoik kislota efirlari, fenolik esterlar yoki alkil efirlarini ishlab chiqarishda ishtirok etadi.
U tetrahidrofuran qutbli erituvchi ishtirokida natriy borgidrid bilan reaksiyaga kirishib, bor-tetrahidrofuran kompleksini hosil qiladi.
Uning tozaligi va xloridning yo'qligi tufayli u batareyalarda qo'llaniladi. Farmatsevtika sanoatida u telmisartan va eprosartan kabi faol farmatsevtik ingredientlarni ishlab chiqarish uchun ishlatiladi.
U ion xromatografiyasida foydalidir va ba'zi gram-manfiy metilotrop bakteriyalar uchun uglerod va energiya manbai hisoblanadi.U peptidlarni himoya qilishda ishtirok etadi.