Бензалконію хлорид гігроскопічний і на нього можуть впливати світло, повітря та метали.
Розчини стабільні в широкому діапазоні рН і температур і можуть бути стерилізовані в автоклаві без втрати ефективності.
Розчини можна зберігати тривалий час при кімнатній температурі. Розведені розчини, що зберігаються в контейнерах з полівінілхлориду або пінополіуретану, можуть втратити антимікробну дію.
Сипучий матеріал слід зберігати в герметичному контейнері, захищеному від світла та контакту з металами, у прохолодному сухому місці.
