Metansülfonik asit, uçucu olmayan yapısı ve organik çözücülerdeki çözünürlüğü nedeniyle esterleşme, alkilasyon ve yoğunlaşma gibi organik reaksiyonlarda katalizör olarak kullanılır.
Aynı zamanda nişasta esterleri, mum oksidat esterleri, benzoik asit esterleri, fenolik esterleri veya alkil esterlerinin üretiminde de rol oynar.
Boran-tetrahidrofuran kompleksini hazırlamak için polar solvent tetrahidrofuran varlığında sodyum borohidrit ile reaksiyona girer.
Saflığı ve klorür içermemesi nedeniyle pillerde uygulama alanı bulur. İlaç endüstrisinde telmisartan ve eprosartan gibi aktif farmasötik bileşenlerin üretiminde kullanılır.
İyon kromatografisinde faydalıdır ve bazı gram-negatif metilotropik bakteriler için bir karbon ve enerji kaynağıdır. Peptitlerin korumasının kaldırılmasında rol oynar.
