Metanesülfonik asit, organik reaksiyonlarda bir katalizör olarak kullanılır, yani esterleştirme, alkilasyon ve yoğunlaşmayan doğası ve organik çözücülerdeki çözünürlüğü nedeniyle yoğuşma reaksiyonları.
Ayrıca nişasta esterleri, balmumu oksidat esterleri, benzoik asit esterleri, fenolik esterler veya alkil esterlerin üretiminde de rol oynar.
Boran-tetrahidrofuran kompleksini hazırlamak için polar çözücü tetrahidrofuran varlığında sodyum borohidrür ile reaksiyona girer.
Saflığı ve klorür yokluğu nedeniyle pillerde uygulama bulur. Farmasötik endüstrisinde, Telmisartan ve Eprosartan gibi aktif farmasötik bileşenlerin üretimi için kullanılır.
İyon kromatografisinde yararlıdır ve bazı gram negatif metilotropik bakteriler için bir karbon ve enerji kaynağıdır. Peptitlerin korunmasında rol oynar.
