Benzalkonyum klorür higroskopiktir ve ışıktan, havadan ve metallerden etkilenebilir.
Solüsyonlar geniş bir pH ve sıcaklık aralığında stabildir ve etkinlik kaybı olmaksızın otoklavlama yoluyla sterilize edilebilir.
Çözeltiler oda sıcaklığında uzun süre saklanabilir. Polivinil klorür veya poliüretan köpük kaplarda saklanan seyreltik solüsyonlar antimikrobiyal aktiviteyi kaybedebilir.
Dökme malzeme hava geçirmez bir kapta, ışıktan ve metallerle temastan korunarak serin ve kuru bir yerde saklanmalıdır.
