Benzalkonyum klorür higroskopiktir ve ışık, hava ve metallerden etkilenebilir.
Çözeltiler geniş bir pH ve sıcaklık aralığında kararlıdır ve etkinlik kaybı olmadan otoklav ile sterilize edilebilir.
Çözümler, oda sıcaklığında uzun süreler boyunca saklanabilir. Polivinil klorür veya poliüretan köpük kaplarında depolanan seyreltik çözeltiler antimikrobiyal aktiviteyi kaybedebilir.
Dökme malzemesi, havalı ve kuru bir yerde ışık ve metallerle temastan korunan hava geçirmez bir kapta saklanmalıdır.
