Ang benzalkonium chloride ay hygroscopic at maaaring maapektuhan ng liwanag, hangin, at mga metal.
Ang mga solusyon ay matatag sa isang malawak na hanay ng pH at temperatura at maaaring isterilisado sa pamamagitan ng autoclaving nang hindi nawawala ang bisa.
Ang mga solusyon ay maaaring maiimbak nang matagal sa temperatura ng silid. Ang mga dilute na solusyon na nakaimbak sa polyvinyl chloride o polyurethane foam container ay maaaring mawalan ng aktibidad na antimicrobial.
Ang bulk material ay dapat na naka-imbak sa isang airtight container, protektado mula sa liwanag at contact na may mga metal, sa isang cool, tuyo na lugar.