Methanesulfonic acid ถูกใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในปฏิกิริยาอินทรีย์คือเอสเทอริฟิเคชันอัลคิเลชั่นและปฏิกิริยาการควบแน่นเนื่องจากธรรมชาติที่ไม่ระเหยและการละลายในตัวทำละลายอินทรีย์
นอกจากนี้ยังมีส่วนร่วมในการผลิตเอสเทอร์สตาร์ชเอสเทอร์แว็กซ์เอสเทอร์เอสเทอร์เบนโซอิกเอสเทอร์ฟีนอลิกเอสเทอร์หรืออัลคิลเอสเทอร์
มันทำปฏิกิริยากับโซเดียมโบโรไฮไดรด์ต่อหน้าตัวทำละลายขั้วโลก tetrahydrofuran เพื่อเตรียม Borane-tetrahydrofuran complex
พบแอปพลิเคชันในแบตเตอรี่เนื่องจากความบริสุทธิ์และคลอไรด์ขาดหายไป ในอุตสาหกรรมยาใช้สำหรับการผลิตส่วนผสมยาที่ใช้งานเช่น telmisartan และ eprosartan
มันมีประโยชน์ในการโครมาโตกราฟีไอออนและเป็นแหล่งของคาร์บอนและพลังงานสำหรับแบคทีเรีย methylotropic gram-negative บางส่วนมีส่วนร่วมในการ deprotection ของเปปไทด์
