กรดมีเทนซัลโฟนิกใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในปฏิกิริยาอินทรีย์ ได้แก่ ปฏิกิริยาเอสเทอริฟิเคชัน อัลคิเลชัน และการควบแน่น เนื่องจากมีลักษณะไม่ระเหยและความสามารถในการละลายในตัวทำละลายอินทรีย์
นอกจากนี้ยังเกี่ยวข้องกับการผลิตเอสเทอร์แป้ง แวกซ์ออกซิเดตเอสเทอร์ กรดเบนโซอิกเอสเทอร์ ฟีนอลิกเอสเทอร์ หรืออัลคิลเอสเทอร์
ทำปฏิกิริยากับโซเดียมโบโรไฮไดรด์โดยมีตัวทำละลายมีขั้วเตตระไฮโดรฟูแรนเพื่อเตรียมสารเชิงซ้อนโบเรน-เตตระไฮโดรฟูแรน
พบการใช้งานในแบตเตอรี่ เนื่องจากมีความบริสุทธิ์และไม่มีคลอไรด์ ในอุตสาหกรรมยา มันถูกใช้สำหรับการผลิตส่วนผสมออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม เช่น เทลมิซาร์แทนและเอโพรซาร์แทน
มีประโยชน์ในไอออนโครมาโทกราฟี และเป็นแหล่งคาร์บอนและพลังงานสำหรับแบคทีเรียเมทิลโลโทรปิกชนิดแกรมลบ มีส่วนเกี่ยวข้องในการลดการป้องกันของเปปไทด์
