เบนซาลโคเนียมคลอไรด์เป็นสารดูดความชื้นและอาจได้รับผลกระทบจากแสง อากาศ และโลหะ
สารละลายมีความเสถียรในช่วง pH และอุณหภูมิที่กว้าง และอาจฆ่าเชื้อได้ด้วยการนึ่งฆ่าเชื้อโดยไม่สูญเสียประสิทธิภาพ
สารละลายอาจเก็บไว้เป็นเวลานานที่อุณหภูมิห้อง สารละลายเจือจางที่เก็บไว้ในภาชนะโพลีไวนิลคลอไรด์หรือโฟมโพลียูรีเทนอาจสูญเสียฤทธิ์ต้านจุลชีพ
วัสดุเทกองควรเก็บไว้ในภาชนะสุญญากาศ ป้องกันแสงและสัมผัสกับโลหะ ในที่เย็นและแห้ง
