Metansulfonsyra används som katalysator i organiska reaktioner, nämligen förestrings-, alkylerings- och kondensationsreaktioner på grund av dess icke-flyktiga natur och löslighet i organiska lösningsmedel.
Det är också involverat i produktionen av stärkelseestrar, vaxoxidatestrar, bensoesyraestrar, fenoliska estrar eller alkylestrar.
Det reagerar med natriumborhydrid i närvaro av polärt lösningsmedel tetrahydrofuran för att framställa boran-tetrahydrofurankomplex.
Den finner användning i batterier, på grund av dess renhet och klorid frånvaro. Inom läkemedelsindustrin används det för tillverkning av aktiva farmaceutiska ingredienser som telmisartan och eprosartan.
Det är användbart i jonkromatografi och är en källa till kol och energi för vissa gramnegativa metylotropa bakterier. Det är involverat i avskyddet av peptider.
