Bensalkoniumklorid är hygroskopisk och kan påverkas av ljus, luft och metaller.
Lösningar är stabila över ett brett pH- och temperaturområde och kan steriliseras genom autoklavering utan att effektiviteten försvinner.
Lösningar kan förvaras under längre perioder i rumstemperatur. Utspädda lösningar som förvaras i behållare av polyvinylklorid eller polyuretanskum kan förlora antimikrobiell aktivitet.
Bulkmaterialet ska förvaras i en lufttät behållare, skyddad från ljus och kontakt med metaller, på en sval, torr plats.
