Benzalkoniumklorid är hygroskopisk och kan påverkas av ljus, luft och metaller.
Lösningar är stabila över ett brett pH och temperaturområde och kan steriliseras genom autoklavering utan förlust av effektivitet.
Lösningar kan lagras under längre perioder vid rumstemperatur. Utspädningslösningar lagrade i polyvinylklorid eller polyuretanskumbehållare kan förlora antimikrobiell aktivitet.
Bulkmaterialet ska förvaras i en lufttät behållare, skyddad från ljus och kontakt med metaller, på en sval, torr plats.
