Метансулфонска киселина се користи као катализатор у органским реакцијама, наиме естерификација, алкилације и реакције кондензације због нехладне природе и растворљивости у органским растварачима.
Такође је укључена у производњу естера са шкробом, естерима воска, естера бензојева киселине, фенолних естера или алкил естера.
Реагира се натријум борохидридом у присуству поларни растварача тетрахидрофуран да припреми боран-тетрахидрофурански комплекс.
Налази се на апликацију у батеријама, због његове чистоће и одсуства хлорида. У фармацеутској индустрији користи се за производњу активних фармацеутских састојака попут Телмисартана и Епросартана.
Корисна је у јонској хроматографији и извор је угљеника и енергије за неке грам-негативне метилотропне бактерије. Укључује се у уклањање заштите пептида.
