Бензалконијум хлорид је хигроскопски и може утицати светло, ваздух и метали.
Решења су стабилна преко широког опсега пХ и температуре и могу се стерилирати аутоклавирањем без губитка ефикасности.
Решења се могу чувати током дужег периода на собној температури. Разблажена решења која се чувају у поливинил хлорида или полиуретанским пенастом контејнерима могу изгубити антимикробну активност.
Расутан материјал треба да се чува у херметичном спремнику заштићен од светлости и контакта са металима, на хладном, сувом месту.
