Бензалконијум хлорид је хигроскопан и на њега могу утицати светлост, ваздух и метали.
Раствори су стабилни у широком опсегу пХ и температуре и могу се стерилисати аутоклавом без губитка ефикасности.
Раствори се могу чувати дуже време на собној температури. Разређени раствори који се чувају у посудама од поливинилхлорида или полиуретанске пене могу изгубити антимикробну активност.
Расути материјал треба чувати у херметички затвореној посуди, заштићеној од светлости и контакта са металима, на хладном и сувом месту.
