Kloruri benzalkonium është higroskopik dhe mund të preket nga drita, ajri dhe metale.
Zgjidhjet janë të qëndrueshme në një pH të gjerë dhe diapazonin e temperaturës dhe mund të sterilizohen nga autoklavimi pa humbje të efektivitetit.
Zgjidhjet mund të ruhen për periudha të zgjatura në temperaturën e dhomës. Zgjidhjet e holluara të ruajtura në kontejnerët polivinil klorur ose poliuretani mund të humbasin aktivitetin antimikrobik.
Materiali pjesa më e madhe duhet të ruhet në një enë hermetike, të mbrohet nga drita dhe kontakti me metale, në një vend të freskët dhe të thatë.
