Kloruri i benzalkoniumit është higroskopik dhe mund të ndikohet nga drita, ajri dhe metalet.
Tretësirat janë të qëndrueshme në një gamë të gjerë pH dhe temperaturash dhe mund të sterilizohen me autoklavim pa humbje të efektivitetit.
Tretësirat mund të ruhen për periudha të gjata në temperaturën e dhomës. Tretësirat e holluara të ruajtura në kontejnerë polivinilklorur ose shkumë poliuretani mund të humbasin aktivitetin antimikrobik.
Materiali me shumicë duhet të ruhet në një enë hermetike, të mbrojtur nga drita dhe kontakti me metalet, në një vend të freskët dhe të thatë.
