Benzalkonijev klorid je higroskopski in nanje lahko vplivajo na svetlobo, zrak in kovine.
Raztopine so stabilne v širokem pH in temperaturnem območju in jih je mogoče sterilizirati z avtoklaviranjem brez izgube učinkovitosti.
Raztopine se lahko hranijo daljša obdobja pri sobni temperaturi. Razredčene raztopine, shranjene v zabojnikih polivinil klorida ali poliuretanske pene, lahko izgubijo protimikrobno aktivnost.
Razsuti material je treba shraniti v nepredušni posodi, zaščiten pred svetlobo in stikom s kovinami, na hladnem, suhem mestu.
