Benzalkonijev klorid je higroskopičen in nanj lahko vplivajo svetloba, zrak in kovine.
Raztopine so stabilne v širokem pH in temperaturnem območju in jih je mogoče sterilizirati z avtoklavom brez izgube učinkovitosti.
Raztopine lahko dalj časa hranite pri sobni temperaturi. Razredčene raztopine, shranjene v posodah iz polivinilklorida ali poliuretanske pene, lahko izgubijo protimikrobno delovanje.
Razsuti material je treba hraniti v nepredušni posodi, zaščiteno pred svetlobo in stikom s kovinami, na hladnem in suhem mestu.
