Benzalkóniumchlorid je hygroskopický a môže byť ovplyvnený svetlom, vzduchom a kovmi.
Roztoky sú stabilné v širokom rozsahu pH a teplôt a možno ich sterilizovať autoklávovaním bez straty účinnosti.
Roztoky sa môžu skladovať dlhší čas pri izbovej teplote. Zriedené roztoky skladované v nádobách z polyvinylchloridu alebo polyuretánovej peny môžu stratiť antimikrobiálnu aktivitu.
Sypký materiál by sa mal skladovať vo vzduchotesnej nádobe, chránenej pred svetlom a kontaktom s kovmi, na chladnom a suchom mieste.
