Chlorid benzalkónium je hygroskopický a môže byť ovplyvnený svetlom, vzduchom a kovmi.
Roztoky sú stabilné v širokom rozsahu pH a teploty a môžu sa sterilizovať autoklávou bez straty účinnosti.
Roztoky sa môžu uchovávať na dlhšie obdobia pri izbovej teplote. Roztoky zriedených uložené v polyvinylchloridu alebo polyuretánových penových nádobách môžu stratiť antimikrobiálnu aktivitu.
Všeobecný materiál by sa mal skladovať vo vzduchotesnej nádobe, chránený pred svetlom a kontaktom s kovmi, na chladnom a suchom mieste.
