Бензалкония хлорид гигроскопичен и может подвергаться воздействию света, воздуха и металлов.
Растворы стабильны в широком диапазоне pH и температур и могут быть стерилизованы автоклавированием без потери эффективности.
Решения можно хранить в течение длительного времени при комнатной температуре. Разбавленные растворы, хранящиеся в емкостях из поливинилхлорида или пенополиуретана, могут потерять противомикробную активность.
Сыпучий материал следует хранить в герметичной таре, защищенной от света и контакта с металлами, в сухом прохладном месте.