Clorura de benzalconiu este higroscopică și poate fi afectată de lumină, aer și metale.
Soluțiile sunt stabile pe o gamă largă de pH și temperatură și pot fi sterilizate prin autoclavare fără pierderea eficacității.
Soluțiile pot fi păstrate pentru perioade prelungite la temperatura camerei. Soluțiile diluate depozitate în recipiente cu clorură de polivinil sau spumă poliuretanică pot pierde activitatea antimicrobiană.
Materialul vrac trebuie depozitat într-un recipient etanș, ferit de lumină și de contactul cu metale, într-un loc răcoros și uscat.
