O cloreto de benzalcônio é higroscópico e pode ser afetado pela luz, ar e metais.
As soluções são estáveis em uma ampla faixa de pH e temperatura e podem ser esterilizadas em autoclave sem perda de eficácia.
As soluções podem ser armazenadas por períodos prolongados à temperatura ambiente. Soluções diluídas armazenadas em recipientes de cloreto de polivinila ou espuma de poliuretano podem perder atividade antimicrobiana.
O material a granel deve ser armazenado em recipiente hermético, protegido da luz e do contato com metais, em local fresco e seco.
