O cloreto de benzalcônio é higroscópico e pode ser afetado pela luz, ar e metais.
As soluções são estáveis em uma ampla faixa de pH e temperatura e podem ser esterilizadas por autoclave sem perda de eficácia.
As soluções podem ser armazenadas por períodos prolongados à temperatura ambiente. Soluções diluídas armazenadas em recipientes de cloreto de polivinil ou poliuretano podem perder atividade antimicrobiana.
O material a granel deve ser armazenado em um recipiente hermético, protegido da luz e contato com metais, em um local frio e seco.
