Chlorek benzalkoniowy jest higroskopijny i może na niego oddziaływać światło, powietrze i metale.
Roztwory są stabilne w szerokim zakresie pH i temperatury i można je sterylizować w autoklawie bez utraty skuteczności.
Roztwory można przechowywać przez dłuższy czas w temperaturze pokojowej. Rozcieńczone roztwory przechowywane w pojemnikach z polichlorku winylu lub pianki poliuretanowej mogą utracić działanie przeciwdrobnoustrojowe.
Materiał sypki należy przechowywać w szczelnym pojemniku, chronionym przed światłem i kontaktem z metalami, w chłodnym i suchym miejscu.
