Benzalkoniumklorid er hygroskopisk og kan påvirkes av lys, luft og metaller.
Løsninger er stabile over et bredt pH- og temperaturområde og kan steriliseres ved autoklavering uten tap av effektivitet.
Løsninger kan lagres i lengre perioder ved romtemperatur. Fortynnede løsninger lagret i polyvinylklorid- eller polyuretanskumbeholdere kan miste antimikrobiell aktivitet.
Bulkmaterialet skal oppbevares i en lufttett beholder, beskyttet mot lys og kontakt med metaller, på et kjølig, tørt sted.
