Benzalkoniumklorid er hygroskopisk og kan bli påvirket av lys, luft og metaller.
Løsninger er stabile over et bredt pH- og temperaturområde og kan steriliseres ved autoklavering uten tap av effektivitet.
Løsninger kan lagres i lengre perioder ved romtemperatur. Fortynnede løsninger lagret i polyvinylklorid eller polyuretanskumbeholdere kan miste antimikrobiell aktivitet.
Hovedmaterialet skal lagres i en lufttett beholder, beskyttet mot lys og kontakt med metaller, på et kjølig, tørt sted.