Benzalkoniumchloride is hygroscopisch en kan worden beïnvloed door licht, lucht en metalen.
Oplossingen zijn stabiel over een breed pH- en temperatuurbereik en kunnen worden gesteriliseerd door autoclaveren zonder verlies van effectiviteit.
Oplossingen kunnen voor langdurige periodes worden bewaard bij kamertemperatuur. Verdunde oplossingen die zijn opgeslagen in polyvinylchloride of polyurethaanschuimcontainers kunnen antimicrobiële activiteit verliezen.
Het bulkmateriaal moet worden bewaard in een luchtdichte container, beschermd tegen licht en contact met metalen, op een koele, droge plaats.
