Benzalkoniumchloride is hygroscopisch en kan worden aangetast door licht, lucht en metalen.
Oplossingen zijn stabiel over een breed pH- en temperatuurbereik en kunnen worden gesteriliseerd door autoclaveren zonder verlies van effectiviteit.
Oplossingen kunnen gedurende langere perioden bij kamertemperatuur worden bewaard. Verdunde oplossingen die zijn bewaard in containers van polyvinylchloride of polyurethaanschuim kunnen de antimicrobiële activiteit verliezen.
Het bulkmateriaal moet worden opgeslagen in een luchtdichte verpakking, beschermd tegen licht en contact met metalen, op een koele, droge plaats.
