Benzalkonium klorida bersifat higroskopik dan mungkin dipengaruhi oleh cahaya, udara dan logam.
Penyelesaian adalah stabil pada julat pH dan suhu yang luas dan boleh disterilkan dengan autoklaf tanpa kehilangan keberkesanan.
Penyelesaian boleh disimpan untuk tempoh yang lama pada suhu bilik. Larutan cair yang disimpan dalam bekas polivinil klorida atau busa poliuretana mungkin kehilangan aktiviti antimikrob.
Bahan pukal hendaklah disimpan dalam bekas kedap udara, dilindungi daripada cahaya dan sentuhan dengan logam, di tempat yang sejuk dan kering.
