Бензалкониум хлоридот е хигроскопски и може да биде под влијание на светлината, воздухот и металите.
Растворите се стабилни во широк рН и температурен опсег и може да се стерилизираат со автоклавирање без губење на ефективноста.
Растворите може да се чуваат подолг период на собна температура. Разредените раствори складирани во контејнери со поливинил хлорид или полиуретанска пена може да ја изгубат антимикробната активност.
Материјалот треба да се чува во херметички контејнер, заштитен од светлина и контакт со метали, на ладно и суво место.
