Бензалкониум хлорид е хигроскопски и може да биде под влијание на светлината, воздухот и металите.
Решенијата се стабилни во широк опсег на pH и температура и може да се стерилизираат со автоклавирање без губење на ефективноста.
Решенијата може да се чуваат за продолжени периоди на собна температура. Разредените раствори зачувани во контејнери со поливинил хлорид или полиуретанска пена може да изгубат антимикробна активност.
Најголемиот дел од материјалот треба да се чува во херметички сад, заштитени од светлина и контакт со метали, на ладно, суво место.
