Metanesulfonskābi izmanto kā katalizatoru organiskajās reakcijās, proti, esterifikācijas, alkilēšanas un kondensācijas reakcijās, jo tā nav gaistoša rakstura un šķīdība organiskos šķīdinātājos.
Tas ir iesaistīts arī cietes esteru, vaska oksidātu esteru, benzoskābju esteru, fenola esteru vai alkilesteru ražošanā.
Tas reaģē ar nātrija borohidrīdu polārā šķīdinātāja tetrahidrofurāna klātbūtnē, lai sagatavotu borane-tetrahidrofurāna kompleksu.
Tas atrod pielietojumu baterijās, jo tā tīrība un hlorīda neesamība. Farmaceitiskajā rūpniecībā to izmanto aktīvu farmaceitisko sastāvdaļu, piemēram, telmisartāna un eprosartāna, ražošanai.
Tas ir noderīgs jonu hromatogrāfijā un ir oglekļa un enerģijas avots dažām gramnegatīvām metilotropiskām baktērijām. Tas ir iesaistīts peptīdu atdalīšanā.
