Metānsulfonskābi izmanto kā katalizatoru organiskās reakcijās, proti, esterifikācijas, alkilēšanas un kondensācijas reakcijās, jo tā ir negaistoša un šķīst organiskajos šķīdinātājos.
Tas ir iesaistīts arī cietes esteru, vaska oksidāta esteru, benzoskābes esteru, fenola esteru vai alkilesteru ražošanā.
Tas reaģē ar nātrija borhidrīdu polāra šķīdinātāja tetrahidrofurāna klātbūtnē, veidojot borāna-tetrahidrofurāna kompleksu.
Tīrības un hlorīda trūkuma dēļ to var izmantot akumulatoros. Farmācijas rūpniecībā to izmanto aktīvo farmaceitisko vielu, piemēram, telmisartāna un eprosartāna, ražošanai.
Tas ir noderīgs jonu hromatogrāfijā un ir oglekļa un enerģijas avots dažām gramnegatīvām metilotropām baktērijām. Tas ir iesaistīts peptīdu aizsardzības noņemšanā.
