Benzalkonija hlorīds ir higroskopisks, un to var ietekmēt gaisma, gaiss un metāli.
Šķīdumi ir stabili plašā pH un temperatūras diapazonā, un tos var sterilizēt ar autoklāvēšanu, nezaudējot efektivitāti.
Risinājumus var uzglabāt ilgstošam periodam istabas temperatūrā. Atšķaidīti šķīdumi, kas uzglabāti polivinilhlorīdā vai poliuretāna putu traukos, var zaudēt pretmikrobu aktivitāti.
Lielapjoma materiāls jāuzglabā hermētiskā traukā, jāaizsargā no gaismas un saskaras ar metāliem vēsā, sausā vietā.
