Benzalkonija hlorīds ir higroskopisks, un to var ietekmēt gaisma, gaiss un metāli.
Šķīdumi ir stabili plašā pH un temperatūras diapazonā, un tos var sterilizēt autoklāvā, nezaudējot efektivitāti.
Šķīdumus var ilgstoši uzglabāt istabas temperatūrā. Atšķaidīti šķīdumi, kas tiek uzglabāti polivinilhlorīda vai poliuretāna putu konteineros, var zaudēt pretmikrobu aktivitāti.
Beztaras materiāls jāuzglabā hermētiskā traukā, sargāts no gaismas un saskares ar metāliem, vēsā, sausā vietā.
