Methanesulfonrūgštis naudojama kaip katalizatorius organinėse reakcijose, ty estelifikacijoje, alkilinimo ir kondensacijos reakcijose dėl jo nestabilio pobūdžio ir tirpumo organiniuose tirpikliuose.
Jis taip pat susijęs su krakmolo esterių, vaško oksidatų esterių, benzoinių rūgšties esterių, fenolio esterių ar alkilo esterių gamyboje.
Jis reaguoja su natrio borohidridu, esant poliniam tirpikliui tetrahidrofuranui, kad būtų paruoštas borano tetrahidrofurano kompleksas.
Jis randa pritaikymą baterijose dėl jo grynumo ir chlorido nėra. Farmacijos pramonėje jis naudojamas gaminant aktyvius farmacijos ingredientus, tokius kaip „Telmisartan“ ir „Eprosartan“.
Tai naudinga atliekant jonų chromatografiją ir yra anglies ir energijos šaltinis kai kurioms gramneigiamoms metilotropinėms bakterijoms. Tai susiję su peptidų nutraukimu.
