Metansulfonrūgštis yra naudojama kaip katalizatorius organinėse reakcijose, būtent esterifikavimo, alkilinimo ir kondensacijos reakcijose, dėl jos nelakumo ir tirpumo organiniuose tirpikliuose.
Jis taip pat dalyvauja krakmolo esterių, vaško oksidato esterių, benzenkarboksirūgšties esterių, fenolio esterių arba alkilo esterių gamyboje.
Jis reaguoja su natrio borohidridu dalyvaujant poliniam tirpikliui tetrahidrofuranui ir susidaro borano-tetrahidrofurano kompleksas.
Dėl grynumo ir chlorido nebuvimo jis naudojamas baterijose. Farmacijos pramonėje jis naudojamas aktyvių farmacinių ingredientų, tokių kaip telmisartanas ir eprosartanas, gamybai.
Jis naudingas jonų chromatografijoje ir yra anglies bei energijos šaltinis kai kurioms gramneigiamoms metilotropinėms bakterijoms. Dalyvauja pašalinant peptidų apsaugą.
