Heksafluorocirkonatas daugiausia naudojamas optinio stiklo ir fluorocirkonato druskų gamyboje.
Naudojamas metalo paviršių apdorojimui ir valymui, taip pat vilnos, odos pramonei, atominės energijos pramonei, pažangių elektrinių ir ugniai atsparių medžiagų gamybai.
Naudojamas metaliniams paviršiams ir dangoms ir kt.