Benzalkonio chloridas yra higroskopinis ir jį gali paveikti šviesa, oras ir metalai.
Tirpalai yra stabilūs plačiame pH ir temperatūros diapazone ir gali būti sterilizuojami autoklave neprarandant veiksmingumo.
Tirpalai gali būti laikomi ilgą laiką kambario temperatūroje. Atskiesti tirpalai, laikomi polivinilchlorido arba poliuretano putų talpyklose, gali prarasti antimikrobinį aktyvumą.
Biri medžiaga turi būti laikoma sandariame inde, apsaugotoje nuo šviesos ir sąlyčio su metalais, vėsioje, sausoje vietoje.