Benzalkonio chloridas yra higroskopinis ir gali būti paveiktas šviesos, oro ir metalų.
Tirpalai yra stabilūs plačiame pH ir temperatūros diapazone ir gali būti sterilizuojami autoklavus neprarandant efektyvumo.
Sprendimai gali būti laikomi ilgą laiką kambario temperatūroje. Praskiestos tirpalai, laikomi polivinilo chloride arba poliuretano putplasčio talpyklose, gali prarasti antimikrobinį aktyvumą.
Didžioji medžiaga turėtų būti laikoma hermetiškame inde, apsaugotoje nuo šviesos ir kontaktuojant su metalais, vėsioje, sausoje vietoje.