메탄술폰산은 비휘발성 특성과 유기 용매에 대한 용해도 때문에 유기 반응, 즉 에스테르화, 알킬화 및 축합 반응에서 촉매로 사용됩니다.
또한 전분 에스테르, 산화왁스 에스테르, 벤조산 에스테르, 페놀성 에스테르 또는 알킬 에스테르의 생산에도 관여합니다.
이는 극성 용매인 테트라히드로푸란 존재 하에서 수소화붕소나트륨과 반응하여 보란-테트라히드로푸란 복합체를 생성합니다.
순도와 염화물이 없기 때문에 배터리에 적용됩니다. 제약 산업에서는 Telmisartan 및 Eprosartan과 같은 활성 제약 성분의 제조에 사용됩니다.
이는 이온 크로마토그래피에 유용하며 일부 그람 음성 메틸로트로픽 박테리아의 탄소 및 에너지 공급원입니다. 이는 펩타이드의 탈보호에 관여합니다.