Метансульфон қышқылы ұшпайтын табиғаты мен органикалық еріткіштерде ерігіштігіне байланысты органикалық реакцияларда катализатор ретінде қолданылады, атап айтқанда эфирлену, алкилдеу және конденсация реакциялары.
Ол сондай-ақ крахмал эфирлерін, балауыз тотықтырғыштарын, бензой қышқылының күрделі эфирлерін, фенолды немесе алкил эфирлерін өндіруге қатысады.
Ол тетрагидрофуран полярлы еріткіштің қатысуымен натрий боргидридімен әрекеттесіп, бор-тетрагидрофуран кешенін түзеді.
Ол тазалығы мен хлоридінің болмауына байланысты батареяларда қолданылады. Фармацевтикалық өнеркәсіпте ол телмисартан және эпросартан сияқты белсенді фармацевтикалық ингредиенттерді өндіру үшін қолданылады.
Ол иондық хроматографияда пайдалы және кейбір грамтеріс метилотропты бактериялар үшін көміртегі мен энергия көзі болып табылады.Ол пептидтердің қорғанысын жоюға қатысады.