Бензалконий хлориді гигроскопиялық, сондықтан жарық, ауа және металдар әсер етуі мүмкін.
Шешімдер кең рН және температура диапазоны бойынша тұрақты және автоклавинг арқылы тиімділікті жоғалтпай зарарсыздандырылуы мүмкін.
Ерітінділер бөлме температурасында ұзақ уақыт сақталуы мүмкін. Поливинил хлоридінде немесе полиевинан көбігі контейнерлерінде сақталған сұйылтылған шешімдерге қарсы микробтардың белсенділігі жоғалуы мүмкін.
Бөтел материалы ауа өткізбейтін контейнерде сақталуы керек, жарықтан қорғалған және металдармен, салқын, құрғақ жерде.
