メタンスルホン酸は、その不揮発性と有機溶媒への溶解性により、有機反応、つまりエステル化、アルキル化、縮合反応における触媒として使用されます。
また、デンプンエステル、ワックス酸化エステル、安息香酸エステル、フェノールエステル、またはアルキルエステルの製造にも関与します。
極性溶媒テトラヒドロフランの存在下で水素化ホウ素ナトリウムと反応して、ボラン-テトラヒドロフラン錯体を調製します。
純度が高く、塩化物が含まれていないため、電池に応用されています。製薬業界では、テルミサルタンやエプロサルタンなどの医薬品有効成分の製造に使用されます。
これはイオンクロマトグラフィーに役立ち、一部のグラム陰性メチロトロープ細菌にとって炭素とエネルギーの供給源です。ペプチドの脱保護に関与します。