メタンスルホン酸は、有機溶媒の非揮発性の性質と溶解度によるエステル化、アルキル化、および凝縮反応、つまり有機溶媒の溶解度など、有機反応の触媒として使用されます。
また、デンプンエステル、ワックス酸化エステル、ベンゾ酸エステル、フェノールエステル、またはアルキルエステルの生産にも関与しています。
極性溶媒テトラヒドロフランの存在下でボロヒドリウムナトリウムと反応して、ボラン - テトラヒドロフラン錯体を調製します。
純度と塩化物がないため、バッテリーに適用されます。製薬業界では、テルミサルタンやエプラサルタンなどのアクティブな製薬成分の製造に使用されています。
イオンクロマトグラフィーで有用であり、一部のグラム陰性メチルトロピック細菌の炭素とエネルギーの供給源です。ペプチドの脱保護に関与しています。