בנזלקוניום כלוריד הוא היגרוסקופי ועשוי להיות מושפע מאור, אוויר ומתכות.
התמיסות יציבות על פני טווח pH וטמפרטורות רחב וניתן לעקר אותן באמצעות חיטוי ללא אובדן יעילות.
ניתן לאחסן תמיסות לתקופות ממושכות בטמפרטורת החדר. תמיסות מדוללות המאוחסנות במיכלי פוליוויניל כלוריד או קצף פוליאוריטן עלולות לאבד פעילות אנטי-מיקרוביאלית.
יש לאחסן את החומר בתפזורת בכלי אטום, מוגן מפני אור ומגע עם מתכות, במקום קריר ויבש.
