בנזלקוניום כלוריד הוא היגרוסקופי ועשוי להיות מושפע מאור, אוויר ומתכות.
הפתרונות יציבים על טווח pH וטמפרטורות רחב ועלולים להיות מעוקרים על ידי חיטוי אוטומטי ללא אובדן יעילות.
פתרונות עשויים להיות מאוחסנים לתקופות ממושכות בטמפרטורת החדר. תמיסות מדוללות המאוחסנות במכולות פוליוויניל כלוריד או במכולות קצף פוליאוריטן עלולות לאבד פעילות אנטי -מיקרוביאלית.
יש לאחסן את החומר בתפזורת במיכל אטום אוויר, המוגן מפני אור ומגע עם מתכות, במקום קריר ויבש.
