Il cloruro di benzalchonium è igroscopico e può essere influenzato da luce, aria e metalli.
Le soluzioni sono stabili su un ampio intervallo di pH e temperatura e possono essere sterilizzate dall'autoclave senza perdita di efficacia.
Le soluzioni possono essere conservate per periodi prolungati a temperatura ambiente. Le soluzioni diluite immagazzinate in polivinil cloruro o contenitori in schiuma poliuretanica possono perdere attività antimicrobica.
Il materiale sfuso deve essere conservato in un contenitore ermetico, protetto dalla luce e contatto con metalli, in un luogo fresco e asciutto.
