Il benzalconio cloruro è igroscopico e può essere influenzato dalla luce, dall'aria e dai metalli.
Le soluzioni sono stabili in un ampio intervallo di pH e temperatura e possono essere sterilizzate in autoclave senza perdita di efficacia.
Le soluzioni possono essere conservate per periodi prolungati a temperatura ambiente. Le soluzioni diluite conservate in contenitori di polivinilcloruro o schiuma di poliuretano possono perdere l'attività antimicrobica.
Il materiale sfuso deve essere conservato in un contenitore ermetico, protetto dalla luce e dal contatto con i metalli, in un luogo fresco e asciutto.
