Metanesúlfónsýra er notuð sem hvati í lífrænum viðbrögðum, þ.e. estera, alkýleringu og þéttingarviðbrögðum vegna órofs eðlis og leysni í lífrænum leysum.
Það tekur einnig þátt í framleiðslu sterkju estera, vaxoxíðs estera, bensínsýruestera, fenólestera eða alkýlestera.
Það bregst við natríumbórhýdríði í viðurvist skautaðs leysir tetrahýdrófúran til að undirbúa boran-tetrahýdrófúran fléttuna.
Það finnur notkun í rafhlöðum, vegna hreinleika og klóríð fjarveru. Í lyfjaiðnaði er það notað til framleiðslu á virkum lyfjaefnum eins og Telmisartan og Eprosartan.
Það er gagnlegt við jónaskiljun og er uppspretta kolefnis og orku fyrir nokkrar gramm-neikvæðar metýlótrópískar bakteríur. Það tekur þátt í afskrift peptíðs.
