Metansúlfónsýra er notuð sem hvati í lífrænum efnahvörfum, þ.e. esterunar-, alkýlerunar- og þéttingarhvörfum vegna óstöðugleika hennar og leysni í lífrænum leysum.
Það tekur einnig þátt í framleiðslu á sterkjuesterum, vaxoxíðesterum, bensósýruesterum, fenólesterum eða alkýlesterum.
Það hvarfast við natríumbórhýdríð í viðurvist skautaðs leysis tetrahýdrófúrans til að búa til bóran-tetrahýdrófúran flókið.
Það finnur notkun í rafhlöðum, vegna hreinleika þess og klóríðskorts. Í lyfjaiðnaði er það notað til framleiðslu á virkum lyfjaefnum eins og telmisartan og eprosartan.
Það er gagnlegt í jónaskiljun og er uppspretta kolefnis og orku fyrir sumar gramm-neikvæðar metýlótrópískar bakteríur. Það tekur þátt í afverndun peptíða.
