Bensalkónklóríð er rakagefandi og getur orðið fyrir áhrifum af ljósi, lofti og málmum.
Lausnirnar eru stöðugar yfir breitt pH- og hitastig og hægt er að dauðhreinsa þær með autoclave án þess að missa virkni.
Lausnir má geyma í langan tíma við stofuhita. Þynntar lausnir sem eru geymdar í pólývínýlklóríð- eða pólýúretan froðuílátum geta misst sýklalyfjavirkni.
Magnefnið skal geymt í loftþéttum umbúðum, varið gegn ljósi og snertingu við málma, á köldum, þurrum stað.
