Benzalkonium klóríð er hygroscopic og getur haft áhrif á ljós, loft og málma.
Lausnir eru stöðugar á breitt sýrustig og hitastigssvið og geta verið sótthreinsaðar með sjálfvirkri aðgerð án þess að tap á skilvirkni.
Heimilt er að geyma lausnir í langan tíma við stofuhita. Þynntar lausnir sem geymdar eru í pólývínýlklóríði eða pólýúretan froðuílát geta misst örverueyðandi virkni.
Magnefnið ætti að geyma í loftþéttum íláti, varið fyrir ljósi og snertingu við málma, á köldum, þurrum stað.
