Benzalkonium klorida bersifat higroskopis dan dapat terpengaruh oleh cahaya, udara, dan logam.
Larutan stabil pada rentang pH dan suhu yang luas dan dapat disterilkan dengan autoklaf tanpa kehilangan efektivitas.
Solusi dapat disimpan untuk waktu yang lama pada suhu kamar. Larutan encer yang disimpan dalam wadah polivinil klorida atau busa poliuretan dapat kehilangan aktivitas antimikroba.
Bahan curah harus disimpan dalam wadah kedap udara, terlindung dari cahaya dan kontak dengan logam, di tempat sejuk dan kering.
