Benzalkonium klorida bersifat higroskopis dan dapat dipengaruhi oleh cahaya, udara, dan logam.
Solusi stabil pada pH yang luas dan kisaran suhu dan dapat disterilkan dengan autoclaving tanpa kehilangan efektivitas.
Solusi dapat disimpan dalam waktu lama pada suhu kamar. Larutan encer yang disimpan dalam wadah busa polivinil klorida atau poliuretan dapat kehilangan aktivitas antimikroba.
Bahan curah harus disimpan dalam wadah kedap udara, dilindungi dari cahaya dan kontak dengan logam, di tempat yang sejuk dan kering.
