Methanesulfonic թթու օգտագործվում է որպես օրգանական ռեակցիաների կատալիզատոր, մասնավորապես `գնահատման, ալկիլացիայի եւ խտացման ռեակցիաներ, օրգանական լուծիչներում իր ոչ անկայուն բնույթի եւ լուծելիության պատճառով:
Այն ներգրավված է նաեւ օսլա էթերների արտադրության, մոմի օքսիդինգի եթերների, բենզոաթթվի էթերների, ֆենոլաթթուների երթուղիների կամ ալկիլային երթերի արտադրության մեջ:
Այն արձագանքում է նատրիումի բորոհիդին, բեւեռային լուծիչ Tetrahydrofuran- ի ներկայությամբ, Borane-Tetrahydrofuran համալիր պատրաստելու համար:
Այն գտնում է մարտկոցների մեջ կիրառումը, դրա մաքրության եւ քլորիդի բացակայության պատճառով: Դեղագործական արդյունաբերության մեջ այն օգտագործվում է Telmisartan- ի եւ EProStan- ի նման ակտիվ դեղագործական բաղադրիչների արտադրության համար:
Այն օգտակար է Ion Chromatography- ում եւ հանդիսանում է ածխածնի եւ էներգիայի աղբյուր `որոշ գրամ-բացասական մեթիլոտրոպային մանրէների համար:
