Մեթանասուլֆոնաթթուն օգտագործվում է որպես կատալիզատոր օրգանական ռեակցիաներում, մասնավորապես, էսթերիֆիկացման, ալկիլացման և խտացման ռեակցիաներում՝ իր ոչ ցնդող բնույթի և օրգանական լուծիչներում լուծելիության պատճառով:
Այն նաև մասնակցում է օսլայի եթերների, մոմի օքսիդատ էսթերների, բենզոաթթվի եթերների, ֆենոլային էսթերների կամ ալկիլ եթերների արտադրությանը։
Այն փոխազդում է նատրիումի բորոհիդրիդի հետ՝ բևեռային լուծիչի տետրահիդրոֆուրանի առկայության դեպքում՝ պատրաստելով բորան-տետրահիդրոֆուրան համալիր:
Այն կիրառություն է գտնում մարտկոցներում՝ իր մաքրության և քլորիդների բացակայության պատճառով: Դեղագործական արդյունաբերության մեջ այն օգտագործվում է ակտիվ դեղագործական բաղադրիչների արտադրության համար, ինչպիսիք են տելմիսարտանը և էպրոսարտանը:
Այն օգտակար է իոնային քրոմատագրության մեջ և ածխածնի և էներգիայի աղբյուր է որոշ գրամ-բացասական մեթիլոտրոպ բակտերիաների համար: Այն մասնակցում է պեպտիդների ապապաշտպանությանը: