A benzalkónium-klorid higroszkópos, és a fény, a levegő és a fémek befolyásolhatják.
Az oldatok széles pH- és hőmérséklet-tartományban stabilak, és autoklávozással sterilizálhatók a hatékonyság elvesztése nélkül.
Az oldatok szobahőmérsékleten hosszabb ideig tárolhatók. A polivinil-klorid vagy poliuretánhab tartályokban tárolt híg oldatok elveszíthetik antimikrobiális hatásukat.
Az ömlesztett anyagot légmentesen záródó tartályban, fénytől és fémekkel való érintkezéstől védve, hűvös, száraz helyen kell tárolni.
