Benzalkonijev klorid je higroskopski i na njih može utjecati svjetlost, zrak i metali.
Otopine su stabilne u širokom pH i temperaturnom rasponu i mogu se sterilizirati autoklaviranjem bez gubitka učinkovitosti.
Otopine se mogu pohraniti dulje vrijeme na sobnoj temperaturi. Razrijeđene otopine pohranjene u posudama od polivinil klorida ili poliuretanske pjene mogu izgubiti antimikrobno djelovanje.
Rasprostranjeni materijal treba biti pohranjen u hermetički zatvorenoj posudi, zaštićen od svjetla i kontakta s metalima, na hladnom, suhom mjestu.
