Benzalkonijev klorid je higroskopan i na njega mogu utjecati svjetlost, zrak i metali.
Otopine su stabilne u širokom pH i temperaturnom rasponu i mogu se sterilizirati autoklavom bez gubitka učinkovitosti.
Otopine se mogu čuvati dulje vrijeme na sobnoj temperaturi. Razrijeđene otopine pohranjene u spremnicima od polivinil klorida ili poliuretanske pjene mogu izgubiti antimikrobno djelovanje.
Rasuti materijal treba čuvati u hermetički zatvorenoj posudi, zaštićen od svjetlosti i kontakta s metalima, na hladnom i suhom mjestu.
