O cloruro de benzalkonio é higroscópico e pode verse afectado pola luz, o aire e os metais.
As solucións son estables nun amplo pH e rango de temperatura e pódense esterilizar autoclavando sen perda de eficacia.
Pódense almacenar solucións durante períodos prolongados a temperatura ambiente. As solucións diluídas almacenadas en cloruro de polivinilo ou contedores de escuma de poliuretano poden perder actividade antimicrobiana.
O material a granel debe almacenarse nun recipiente hermético, protexido da luz e contacto con metais, nun lugar fresco e seco.
