O cloruro de benzalconio é higroscópico e pode verse afectado pola luz, o aire e os metais.
As solucións son estables nun amplo rango de pH e temperatura e pódense esterilizar en autoclave sen perda de eficacia.
As solucións pódense almacenar durante períodos prolongados a temperatura ambiente. As solucións diluídas almacenadas en recipientes de cloruro de polivinilo ou escuma de poliuretano poden perder actividade antimicrobiana.
O material a granel debe almacenarse nun recipiente hermético, protexido da luz e do contacto con metais, nun lugar fresco e seco.
