Le chlorure de benzalkonium est hygroscopique et peut être affecté par la lumière, l'air et les métaux.
Les solutions sont stables sur un large pH et une plage de température et peuvent être stérilisées par l'autoclavage sans perte d'efficacité.
Les solutions peuvent être stockées pendant des périodes prolongées à température ambiante. Les solutions diluées stockées dans du chlorure de polyvinyle ou des conteneurs en mousse de polyuréthane peuvent perdre une activité antimicrobienne.
Le matériau en vrac doit être stocké dans un récipient hermétique, protégé de la lumière et du contact avec les métaux, dans un endroit frais et sec.
