Le chlorure de benzalkonium est hygroscopique et peut être affecté par la lumière, l'air et les métaux.
Les solutions sont stables sur une large plage de pH et de températures et peuvent être stérilisées par autoclavage sans perte d'efficacité.
Les solutions peuvent être conservées pendant des périodes prolongées à température ambiante. Les solutions diluées conservées dans des récipients en polychlorure de vinyle ou en mousse de polyuréthane peuvent perdre leur activité antimicrobienne.
Le matériau en vrac doit être stocké dans un récipient hermétique, à l’abri de la lumière et du contact avec les métaux, dans un endroit frais et sec.