Bentsalkoniumkloridi on hygroskooppista, ja valo, ilma ja metallit voivat vaikuttaa niihin.
Liuokset ovat stabiileja laajalla pH- ja lämpötila -alueilla, ja ne voidaan steriloida autoklavingilla menettämättä tehokkuutta.
Liuoksia voidaan varastoida pitkään ajanjaksoihin huoneenlämpötilassa. Laimennetut liuokset, jotka on varastoitu polyvinyylikloridi- tai polyuretaanivaahtoastioissa, voivat menettää antimikrobisen aktiivisuuden.
Irtomateriaali on säilytettävä ilmatiiviissä astiassa, joka on suojattu valolta ja kosketus metallien kanssa viileässä, kuivassa paikassa.
