Bentsalkoniumkloridi on hygroskooppinen, ja valo, ilma ja metallit voivat vaikuttaa siihen.
Liuokset ovat stabiileja laajalla pH- ja lämpötila-alueella, ja ne voidaan steriloida autoklaavissa tehon menettämättä.
Liuoksia voidaan säilyttää pitkiä aikoja huoneenlämmössä. Polyvinyylikloridi- tai polyuretaanivaahtosäiliöissä säilytetyt laimeat liuokset voivat menettää antimikrobisen vaikutuksen.
Irtotavara tulee varastoida ilmatiiviissä astiassa valolta ja metallien kanssa kosketuksissa suojattuna viileässä ja kuivassa paikassa.
