اسید متان سولفونیک به عنوان یک کاتالیزور در واکنشهای آلی یعنی استری ، آلکیللاسیون و واکنشهای چگالش به دلیل ماهیت غیر فرار و حلالیت آن در حلال های آلی استفاده می شود.
این شرکت همچنین در تولید استرهای نشاسته ، استرهای اکسپرس موم ، استرهای اسید بنزوئیک ، استرهای فنولیک یا استرهای آلکیل نقش دارد.
در حضور تتراهیدروفوران حلال قطبی برای تهیه مجتمع بوران-تتراهیدروفوران با سدیم بوروهیدرید واکنش نشان می دهد.
به دلیل خلوص و غیبت کلرید ، در باتری ها کاربردی پیدا می کند. در صنعت داروسازی ، از آن برای تولید مواد دارویی فعال مانند Telmisartan و Eprosartan استفاده می شود.
در کروماتوگرافی یونی مفید است و منبع کربن و انرژی برای برخی از باکتری های متیلوتروپیک گرم منفی است. این در محرومیت از پپتیدها نقش دارد.