متان سولفونیک اسید به دلیل ماهیت غیرفرار و حلالیت در حلال های آلی به عنوان کاتالیزور در واکنش های آلی یعنی واکنش های استریفیکاسیون، آلکیلاسیون و تراکم استفاده می شود.
همچنین در تولید استرهای نشاسته، استرهای اکسیدات موم، استرهای اسید بنزوئیک، استرهای فنولیک یا استرهای آلکیل نقش دارد.
در حضور حلال قطبی تتراهیدروفوران با بوروهیدرید سدیم واکنش می دهد و کمپلکس بوران- تتراهیدروفوران را تهیه می کند.
به دلیل خلوص و عدم وجود کلرید در باتری ها کاربرد دارد. در صنعت داروسازی، از آن برای تولید مواد فعال دارویی مانند تلمیسارتان و اپروسارتان استفاده می شود.
در کروماتوگرافی یونی مفید است و منبع کربن و انرژی برای برخی از باکتری های متیلوتروپیک گرم منفی است و در محافظت از پپتیدها نقش دارد.