بنزالکونیوم کلرید رطوبت سنجی است و ممکن است تحت تأثیر نور، هوا و فلزات قرار گیرد.
محلولها در محدوده وسیعی از pH و دما پایدار هستند و ممکن است با اتوکلاو بدون از دست دادن کارایی استریل شوند.
محلول ها ممکن است برای مدت طولانی در دمای اتاق نگهداری شوند. محلول های رقیق ذخیره شده در ظروف پلی وینیل کلراید یا فوم پلی اورتان ممکن است فعالیت ضد میکروبی خود را از دست بدهند.
مواد حجیم باید در یک ظرف دربسته، محافظت شده از نور و تماس با فلزات، در مکانی خشک و خنک نگهداری شود.