Metaansulfoonhapet kasutatakse katalüsaatorina orgaanilistes reaktsioonides, nimelt esterdamis-, alküülimis- ja kondensatsioonireaktsioonides, kuna see ei ole lenduv ja lahustub orgaanilistes lahustites.
Samuti osaleb see tärklise estrite, vaha oksüdaadi estrite, bensoehappe estrite, fenoolestrite või alküülestrite tootmises.
See reageerib naatriumboorhüdriidiga polaarse lahusti tetrahüdrofuraani juuresolekul, moodustades boraani-tetrahüdrofuraani kompleksi.
Selle puhtuse ja kloriidide puudumise tõttu leiab see rakendust akudes. Farmaatsiatööstuses kasutatakse seda toimeainete nagu telmisartaan ja eprosartaan tootmiseks.
See on kasulik ioonkromatograafias ning on süsiniku- ja energiaallikas mõnedele gramnegatiivsetele metülotroopsetele bakteritele. Ta osaleb peptiidide kaitse eemaldamises.
