Metaansulfoonhapet kasutatakse katalüsaatorina orgaanilistes reaktsioonides, nimelt esterdamise, alküülimise ja kondenseerumisreaktsioonidena, mis on tingitud mitte lenduvast olemusest ja lahustuvusest orgaanilistes lahustites.
Samuti osaleb see tärklisestrite, vaha oksüdadaatide estrite, bensoehappe estrite, fenooliestrite või alküülestrite tootmises.
See reageerib naatriumborohüdriidiga polaarse lahusti tetrahüdrofuraani juuresolekul borooni-tetrahüdrofuraani kompleksi valmistamiseks.
See leiab patareides kasutamise oma puhtuse ja kloriidi puudumise tõttu. Farmaatsiatööstuses kasutatakse seda aktiivsete ravimite koostisosade nagu Telmisartani ja Eprosartani tootmiseks.
See on kasulik ioonkromatograafias ning see on mõne gramnegatiivse metüülotroopse bakterite süsiniku ja energia allikas. See osaleb peptiidide deprotektsioonis.
