Heksafluorotsirkonaati kasutatakse peamiselt optilise klaasi ja fluorotsirkonaatsoolade valmistamisel.
Kasutatakse metallipindade töötlemiseks ja puhastamiseks, samuti villa-, nahatööstuses, aatomienergiatööstuses ning täiustatud elektrimaterjalide ja tulekindlate materjalide tootmiseks
Kasutatakse metallpindade ja katete jms jaoks.