Benzallooniumkloriid on hügroskoopiline ja seda võivad mõjutada valguse, õhk ja metallid.
Lahendused on stabiilsed laia pH ja temperatuurivahemiku kohal ning neid võib steriliseerida autoklaavimise abil ilma tõhususe kaotamata.
Lahendusi võib pikaajaliselt säilitada toatemperatuuril. Polüvinüülkloriidis või polüuretaanvahtmahutites ladustatud lahjendatud lahused võivad kaotada antimikroobse toime.
Bulk materjali tuleks hoida õhukindlas anumas, kaitstud valguse ja metallidega kontakti eest jahedas, kuivas kohas.
