Το χλωριούχο βενζαλκόνιο είναι υγροσκοπικό και μπορεί να επηρεαστεί από το φως, τον αέρα και τα μέταλλα.
Τα διαλύματα είναι σταθερά σε μεγάλο εύρος pH και θερμοκρασίας και μπορούν να αποστειρωθούν με αποστείρωση σε αυτόκλειστο χωρίς απώλεια αποτελεσματικότητας.
Τα διαλύματα μπορούν να φυλάσσονται για παρατεταμένες περιόδους σε θερμοκρασία δωματίου. Τα αραιά διαλύματα που είναι αποθηκευμένα σε δοχεία πολυβινυλοχλωριδίου ή αφρού πολυουρεθάνης ενδέχεται να χάσουν την αντιμικροβιακή τους δράση.
Το χύμα υλικό πρέπει να φυλάσσεται σε αεροστεγές δοχείο, προστατευμένο από το φως και την επαφή με μέταλλα, σε δροσερό και ξηρό μέρος.
