Benzalkoniumchlorid ist hygroskopisch und kann durch Licht, Luft und Metalle angegriffen werden.
Lösungen sind über einen weiten pH- und Temperaturbereich stabil und können ohne Wirksamkeitsverlust durch Autoklavieren sterilisiert werden.
Lösungen können über einen längeren Zeitraum bei Raumtemperatur gelagert werden. Verdünnte Lösungen, die in Behältern aus Polyvinylchlorid oder Polyurethanschaum gelagert werden, können ihre antimikrobielle Wirkung verlieren.
Das Schüttgut sollte in einem luftdichten Behälter, vor Licht und Kontakt mit Metallen geschützt, an einem kühlen, trockenen Ort gelagert werden.
