Benzalkoniumchlorid ist hygroskopisch und kann durch Licht, Luft und Metalle beeinflusst werden.
Lösungen sind über einen weiten pH- und Temperaturbereich stabil und können durch Autoklaven ohne Effektivitätsverlust sterilisiert werden.
Lösungen können für längere Perioden bei Raumtemperatur gelagert werden. Verdünne Lösungen, die in Polyvinylchlorid oder Polyurethanschaumbehältern gespeichert sind, können die antimikrobielle Aktivität verlieren.
Das Schüttgut sollte in einem luftdichten Behälter gelagert werden, der vor Licht und Kontakt mit Metallen geschützt ist, an einem kühlen, trockenen Ort.
